赫哲族是中国东北地区一个古老的民族，其先民的历史可追溯到6000-7000多年前的密山新开流肃慎文化时期，在先秦时称肃慎、汉魏时称挹娄，南北朝时称勿吉，隋唐时称黑水靺鞨，明末称东海女真、野人女真。公元1608年(明万历三十六年)，东海女真(赫哲部)反抗建州女真的征服，呼尔哈路千余人围攻重镇宁古塔，给建州女真联军沉重打击。公元1651年(顺治八年)，乌扎拉村的赫哲人及其附近的满洲八旗、奇勒尔人(东海女真)，配合宁古塔章京海色反击沙俄入侵者以哈巴罗夫为首的哥萨克;揭开清朝军民联合反抗沙俄入侵的序幕。公元1657(顺治十四年)，沙俄侵略者斯捷潘诺夫等哥萨克入侵松花江流域依兰县附近尚坚乌黑等处;赫哲、满八旗、奇勒尔人配合宁古塔章京沙尔瑚达所率清军痛击入侵者。此年于松花江口击毙斯捷潘诺夫。

赫哲一词，最早见于官方文献是《清圣祖实录》：康熙二年癸卯……三月、壬辰(公历1663年5月1日)命四姓库里哈等进贡貂皮，照赫哲等国例，在宁古塔收纳，这里的国是女真各部，不是今天国家的概念。从后金到清初统一女真各部的进程中，曾相继将赫哲部编户编旗。编户始于天命二年(1617年)，就是按照血缘(姓-氏族)和地域(乡-村屯)的原则，把赫哲人分为若干姓，每姓设若干乡，再由姓长和乡长管理。顺治二年(1645年)开始编旗，直接把赫哲部纳入满洲八旗本部，称为伊彻满洲(新满洲)。

直到19世纪初叶，从牡丹江至黑龙江下游乌扎拉村，所有赫哲部的22个氏族，都由清廷按其氏族与分布地区编入满洲八旗本部，行使有效的管辖。在清代，赫哲与内地及当地各民族的产品交换关系日益发展，赫哲渔猎工具也逐渐有所改进，生产力逐渐提高，原始社会渐趋分解，至清末已从原始社会末期跨入阶级社会。辛亥革命以后，三江平原开发的速度加快，赫哲人与汉族杂居，渔猎产品的商品化程度加深，在政治、经济等方面形成与汉族及周围其他各族不可分割的联系。

日本侵占东北后，对赫哲、鄂伦春等人数较少的部族，实行野蛮统治，甚至公开推行种族灭绝政策，使赫哲人口更加减少，抗日战争胜利以前，已濒于被灭绝的境地。

解放以后，赫哲人分为两部分，一部分融合于满族共同体，一部分从满族八旗中分离出来，成为今天的赫哲族。俄国人曾称赫哲(那乃)族为高尔谍、戈尔德、乌德哥、阿枪及阿其泱人，或称之为那笃奇斯人与纳特基人。译文中，称那乃之前多称为果尔特人。

中国清政府刊刻的《皇清职贡图》中出现了今天赫哲族的三个组成分支——奇楞、七姓、赫哲。奇楞的意义和来源有与鄂伦春同源说和姓氏说等几种。七姓是赫哲族的七个氏族，并非族称。赫真是东方、下游之意。他们对外都自称赫哲。赫哲是从赫真变音而来，而赫真又是黑斤、黑真、黑金、黑津、黑筋、黑哲、黑折、赫斤、赫金、赫锦等的同音异写，这些名称在《清实录》、《满洲源流考》、《宁古塔纪略》、《柳编纪略》、《宁古塔山水记》、《西伯利东偏纪要》、《吉林通志》等历史文献中都出现过。